Nieuw onderzoek laat zien dat Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) met de IR Biotyper een snelle en betaalbare methode is om Escherichia coli-stammen bij pluimvee van elkaar te onderscheiden. De resultaten sluiten goed aan bij Whole Genome Sequencing (WGS), maar zijn veel sneller beschikbaar.
Aviaire pathogene E. coli (APEC) is een belangrijke ziekteverwekker in de pluimveesector. Snelle stamtypering helpt bij het opsporen van besmettingsbronnen, het volgen van verspreiding en het selecteren van geschikte isolaten voor autovaccins.
Onderzoekers van Royal GD, Universiteit Utrecht en Demetris DierGezondheid vergeleken FTIR met Nanopore- en Illumina-sequencing. Zij onderzochten 200 E. coli-isolaten van vier Nederlandse opfokbedrijven voor vleeskuikenouderdieren.
De clustering met FTIR kwam sterk overeen met genetische typeringen zoals serotypering, MLST en PopPUNK. Daardoor kan de methode bijvoorbeeld helpen bepalen of besmettingen in verschillende koppels waarschijnlijk dezelfde oorsprong hebben. Ook bleek dat binnen één bedrijf meerdere E. coli-stammen kunnen circuleren, terwijl bij individuele kuikens vaak één stam domineert.
WGS biedt meer genetische details, waaronder informatie over resistentie- en virulentiegenen. FTIR heeft daarentegen duidelijke voordelen in snelheid en kosten. Voor 200 isolaten duurde de analyse maximaal zes werkdagen, tegenover twaalf dagen met Nanopore en 28 dagen met Illumina.
Volgens de onderzoekers is FTIR daarom vooral geschikt als snelle screeningsmethode voor diagnostiek, surveillance en uitbraakonderzoek. Wanneer aanvullende genetische informatie nodig is, kan vervolgens gericht sequencing worden ingezet.
Bron: Royal GD
